Пистолет CZ-999 был разработан в Сербии (бывшая Югославия) компанией Zastava Arms (бывший оружейный завод Crvena Zastava). Пистолет CZ-999 является дальнейшим развитием модели CZ-99 этой же фирмы, отличаясь от него в основном слегка улучшенной формой рукоятки и модифицированным двухрежимным ударно-спусковым механизмом (УСМ). Кроме того, в пистолете CZ-999 имеется оригинальный индикатор опустошения магазина – когда в магазине пистолета остается 3 патрона, из рукоятки в ладонь стрелка выдвигается небольшой стержень, давая стрелку тактильное предупреждение о малом запасе патронов в оружии.

Пистолет CZ-999 построен на основе автоматики с использованием энергии отдачи при коротком ходе ствола и жестким запиранием. Отпирание и запирание ствола производится при перекосе его казенной части благодаря взаимодействию фигурного выреза в приливе под стволом с вкладышем рамки. Сцепление ствола с затвором происходит одним выступом за окно для выброса гильз. Рамка оружия выполнена из алюминиевого сплава, кожух затвора – штампованный из стального листа, со стальным вкладышем-затвором, зафиксированным в кожухе поперечным штифтом. Ударно-спусковой механизм курковый, двойного действия, имеет автоматический предохранитель ударника и механизм безопасного спуска курка. Безопасный спуск курка осуществляется при нажатии на один из рычажков, расположенных по обеим сторонам рукоятки оружия. Эти же рычажки управляют выключением затворной задержки. Ударно-спусковой механизм CZ-999 имеет дополнительный переключатель режимов работы УСМ, выполненный в виде рычажка на верхней поверхности затвора слева. Переключатель имеет 2 положения, обозначенных как «R» (Revolver – режим «Револьвер») и «P» (Pistol – режим «Пистолет»). В режиме «Пистолет» взведение курка может осуществляться как непосредственно воздействием на курок (в ручную или при передергивании затвора), так и в режиме самовзвода, при нажатии на спусковой крючок (если курок был предварительно спущен нажатием на рычаг безопасного спуска). В режиме «Револьвер» после передергивания затвора курок автоматически спускается в безопасное положение, так что каждый выстрел будет производится самововзодом, то есть взведением курка при нажатии на спусковой крючок. Но при этом сохраняется и возможность ручного взведения курка (только непосредственным воздействием на сам курок, без передергивания затвора). То есть УСМ CZ-999 работает полностью аналогично УСМ револьвера двойного действия. Насколько необходим такой двухрежимный УСМ – вопрос остается открытым. Штатные прицельные приспособления фиксированные, установлены в пазы типа «ласточкин хвост», и имеют белые вставки для стрельбы в условиях плохой освещенности.